故事總之就是這樣：

某年某月的某一天，就像一張破碎的臉，一個青年收到奇怪的簡訊，接著被襲擊。之後，在住宅區內出現了一具被剝皮的屍體，舉國譁然。此時已經有重現腦部影像的技術，但因為會侵犯到死者的隱私權，因此若非重大案件，不會採取這種方式處理。這個剝皮案很明顯的屬於重大案件，因而死者的腦部被送到科學警察研究所法醫第九研究室中去解析……「第九」的成員在追查案件的過程中，也逐漸揭開了五年前不為人知的兇殘案件……

　　這本《最高機密 3》拜非複製人的故事之賜，一反低辨識度的人物造型，每個人都好清楚啊！第九的負責人好可愛，而且他的副手……擺明了就是BL嘛！不過話說，剛開始負責人耍冷酷的時候，我還以為他不過是不懂人情世故，有話直說而已（那張臉實在太幼齒了）。
　　案子本身很單純。看到一半就知道結構了。然而最後也不乏翻轉的橋段。所要講述的，則是記憶與尊嚴的問題。這似乎是這個系列的主題，所謂的「最高機密」，大約也就是人所「看見的」、別人與自己的私隱。
　　清水玲子的漫畫，一向對科技做出反思。《地球守護靈》如此，《輝夜姬》亦復如是。《最高機密》亦以看見腦部影像的新科技出發，但對我而言，這部漫畫的探討卻並不止於科技與人的關係，而是更聚焦於「隱私」的部份。沒有這樣的科技，我們就不會得知他人的秘密嗎？沒有這樣的科技，我們就能保有自己的秘密嗎？無論是直接看入腦部記憶，又或是「抬起屁股去敲門」，結果終究會讓許多原本埋藏於□暗的，被迫曝露於陽光之下。而單純就《最高機密3》的這個案子來看的話，我會覺得兇手根本是想要被發現、被抓到吧？感覺起來是個破綻百出的計畫。
　　破綻一：太快讓警察知道事件和「五年前」有關。應該先把人抓起來，殺一半的人後再慢慢漏線索。
　　破綻二：沒有解釋為何這群人會又約到五年前的惡夢發生地重聚。如果彼此連臉都不想見到，那最勉強也應該是約在某人的家裏或是外面的旅館比較合理。用一句「兇手唆使ｘｘ把我們約到這裡」有點牽強。怎麼唆使？如果說只有這些人知道，那兇手要如何合理的「誘使」他們聚集呢？不過這是作者沒解釋。
　　破綻三：沒把五年前的「紀念品」藏好。
　　不過，是清水玲子耶！總之灑花[emoji:v-254]然後加一百分！！
　　然後紀錄一下借書時的情境：

我：「這是什麼？」
我：「清水玲子耶！」
ｋ大姐：「對啊，喔對了這個你看」（翻到被剝皮的全身圖）
我：「這裡怎麼沒畫出來？」（指著生殖器官，內心OS是「這是人體模型嗎？那幹麼還這樣遮遮掩掩空一塊的啊？」）
ｋ大姐：「……那是被剝皮的人啦」
我：「[emoji:v-237]」
我：「[emoji:v-344]」
我：「[emoji:v-421]」
ｋ大姐：「我就知道……五點以前要看完喔」
我：「[emoji:v-398]」